1 DNA 组织样品的制备
a) 植物组织样品的制备
1) 优先选用新鲜采集的样品送样,其次才是冻存的样品。采集样品时应选取核酸含量较多的部位,如植物的幼嫩部位。 2) 植物样品采集时建议用无菌水或 75% 乙醇擦拭或冲洗干净,再用吸水纸吸干样品表面。 3) 样品采集时建议将样品按照一次提取的量进行分管保存,避免提取时由于二次分管和并管引起样品降解。 4) 锡箔纸包装的组织样品,折叠时需有纹理可循,避免打开锡箔纸时样品洒落。 5) 所有植物组织样品均建议离体后立即液氮冻存,然后-80 °C保存。
b) 动物组织样品的制备
1) 优先选用新鲜采集的样品送样,其次才是冻存的样品。采集样品时应选取核酸含量较多的部位(如:动物的肝脏等组织)。 2) 动物样品采集时建议活体取材后用生理盐水进行漂洗,以去除血渍和污物,并剔除结缔组织和毛发等非研究组织,将样品分割成50 mg左右的小块(组织块越小,保存效果越好),样品分割和处理时应尽量在冰上进行,防止样品降解。 3) 对肿瘤组织的取材,为了保证结果的准确可靠,应尽可能准确地判定肿瘤组织和正常组织,如果有可能请根据冰冻切片报告的结果来判断要进行研究的取材部位,取样后液氮速冻,干冰运输。 4) 样品采集时建议将样品按照一次提取的量进行分管保存,避免提取时由于二次分管和并管引起样品降解。 5) 锡箔纸包装的组织样品,折叠时需有纹理可循,避免打开锡箔纸时样品洒落。 6) 所有动物组织样品均建议离体后立即液氮冻存,然后-80°C保存。
c) 样品的制备
1) 要求为全血样本,并加入抗凝剂,推荐使用EDTA抗凝的采血管收集样品(由于会影响实验,不能使用肝素抗凝),冷冻后,干冰运输。
d) 细胞样品的制备
1) 用PBS缓冲液将细胞快速洗一次,然后离心沉淀,迅速液氮冻存之后在-80°C中保存,干冰运输。
2 可提取DNA的组织及其送样量
a) 可提取的DNA组织
植物组织 | 动物组织 |
---|---|
普通植物组织(如叶片、果实) | 常规动物组织(内脏、肌肉、猪耳朵、血液等) |
b) DNA组织的送样量
样品类型 | 送样量 |
---|---|
植物组织样本干重 | ≥2 g |
动物组织样本干重 | ≥1 g |
培养细胞个数 | ≥107 |
动物血液(哺乳类) | ≥2 ml |
动物血液(红细胞有核类) | ≥1 ml |
$\color{red}{备注:以上为全基因组DNA甲基化文库}$
1) 植物样本最少不低于2g(样本较少,很珍贵),建议送样5g以上 2) 动物样本最少不低于1g(样本较少,很珍贵),建议送样3g以上 3) 血液类样本最少不低于2ml(样本较少,很珍贵),建议送样5ml以上
3 核酸量需求
DNA | 样品总量(单次建库) |
---|---|
小片段文库 | 动植物基因组:m≥0.8ug; <500bp PCR产物:m≥0.2ug; ≥500bp PCR文库:m≥1ug |
RAD文库 | m≥1ug |
全基因组DNA甲基化文库 | m≥3ug |
ChIP-seq文库 | m≥0.05ug |
宏基因组文库 | m≥1ug |
扩增子PCR-free文库 | m≥0.1ug |
基因组PCR-free文库 | m≥5ug |