该格式用以记录SSR所在的location，以及类型。

ID	SSR nr.	SSR type	SSR	size	start	end
scaffold30_1	6	p2	(TA)6	12	9013	9024
scaffold12_1	31	p2	(TG)12	24	76920	76943
scaffold12_1	36	p2	(TG)6	12	81729	81740
scaffold231_2	602	c	(CA)8ctctcactctctca(CT)12	54	1759093	1759146

• 第一列：ID，记录SSR所在的位置，如chromsome号，或者Gene ID 等。
• 第二列：SSR nr, 表示每个相同ID的SSR编号，即相同ID所包含的第几个SSR
• 第三列：SSR type, 表示SSR类型：
  • p1，单碱基重复（Mono repeats），如(A)10
  • p2，双碱基重复（Di repeats），如(CA)8
  • p3，三碱基重复（Tri repeats），如(ACT)6
  • p4，四碱基重复（Quad repeats），如(ATCT)5
  • p5，五碱基重复（Penta repeats），如(TCATG)7
  • p6，六碱基重复（Hexa repeats）），如(CATAAG)7
  • c，复合微卫星（repeats with compound），如(A)10tagt(AT)7
• 第四列：SSR，表示该SSR的序列特征
  • 如示例中，(TA)6， 表示有6个TA重复
  • (CA)8ctctcactctctca(CT)12 表示，8个CA的重复，随后有一串ctctcactctctca序列，然后再接12个CT重复
• 第五列：size，表示该SSR的大小
• 第六列：start，表示该SSR的起始位置
• 第七列：end，表示该SSR的的终止位置

由于上述格式仅仅是描述SSR所在的位置，而无多态性信息，因此我们扩展了该格式，用于更好的记录分型信息，可查看MISA SSR扩展格式。

Contributors: rongzhengqin@basepedia.com