BasePedia开源工具
由Basepedia开发和维护的代码,将逐步实现开源化,测试版本均公布在此处,可发邮件到 tech@basepedia.com 索要测试版的源代码。稳定后的版本会公布在Github/Basepedia。
发信格式示例:
申请人 | 张三 | |
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单位 | XX大学,XX学院,XX重点实验室 | |
职称 | 学生or博士研究生or教授or副教授 … | |
申请代码包 | XXXXXX | |
申请用途 | 麻烦描述清楚,有助于审核通过 |
目前公布的开源工具列表:(点击可查看使用方法)
- GeneStruct - 用于解析基因结构,基因与转录本间的关系,格式化基因和转录本信息,有效解析UTR,intron等区域。
- PSR Modify version - 用于鉴定全基因组范围SSR位点的多态性,并进行样本SSR分型。
- Insertsite - 用于识别宿主基因组上,其他物种基因组(如病毒,真菌or转基因片段)的插入位点pipeline,能够精确定位到整合的位点(误差范围1bp)
- Simpbs - 自主开发的集群调度系统,目前处于试运行版
- CINcalc - 用于估计肿瘤基因组不稳定性