MISA SSR结果扩展格式说明

用于记录SSR标记的群体分型信息

1. 示例:

Chrom    SSR_No. SSRtype SSRunit_reference       SSRsize_reference       SSR_start_reference     SSR_end_reference    RO141.genotype    RO141.genotype_support_reads 
E2328_L144      1       p2      (GC)7   14      32      45      7;5     10;9

2. 格式说明

  • 前七列与misa ssr格式输出一致
  • 第八列,genotype,样本基因型,示例中为RO141编号的样本的基因型,分别为(GC)7 和 (GC)5
  • 第九列,genotype support reads,样本基因型支持的reads数目,(GC)7的reads支持数目为7,(GC)5的reads支持数目为5,可见为杂合基因型。




Contributors: rongzhengqin@basepedia.com

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  • 最后更改: 8年前
  • 由 rongzhengqin