MISA SSR结果输出格式
该格式用以记录SSR所在的location，以及类型。
Fields 说明
1. 示例：
ID SSR nr. SSR type SSR size start end scaffold30_1 6 p2 (TA)6 12 9013 9024 scaffold12_1 31 p2 (TG)12 24 76920 76943 scaffold12_1 36 p2 (TG)6 12 81729 81740 scaffold231_2 602 c (CA)8ctctcactctctca(CT)12 54 1759093 1759146
2. 格式说明：
- 第一列：ID，记录SSR所在的位置，如chromsome号，或者Gene ID 等。
- 第二列：SSR nr, 表示每个相同ID的SSR编号，即相同ID所包含的第几个SSR
- 第三列：SSR type, 表示SSR类型：
- p1，单碱基重复（Mono repeats），如(A)10
- p2，双碱基重复（Di repeats），如(CA)8
- p3，三碱基重复（Tri repeats），如(ACT)6
- p4，四碱基重复（Quad repeats），如(ATCT)5
- p5，五碱基重复（Penta repeats），如(TCATG)7
- p6，六碱基重复（Hexa repeats）），如(CATAAG)7
- c，复合微卫星（repeats with compound），如(A)10tagt(AT)7
- 第四列：SSR，表示该SSR的序列特征
- 如示例中，(TA)6， 表示有6个TA重复
- (CA)8ctctcactctctca(CT)12 表示，8个CA的重复，随后有一串ctctcactctctca序列，然后再接12个CT重复
- 第五列：size，表示该SSR的大小
- 第六列：start，表示该SSR的起始位置
- 第七列：end，表示该SSR的的终止位置
3. 格式扩展
由于上述格式仅仅是描述SSR所在的位置，而无多态性信息，因此我们扩展了该格式，用于更好的记录分型信息，可查看MISA SSR扩展格式。
Contributors: rongzhengqin@basepedia.com