微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由1～6个核苷酸的串联重复片段构成，由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星标记的应用非常广泛。微卫星位点通常通过PCR扩增，扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。

在真核基因组中存在着大量的重复序列，根据其重复的程度可分为简单重复序列、中度重复序列和高度重复序列。简单重复序列(SSR)在真核生物基因组中广泛存在，具有种属特异性，一般是以1-6bp组成较低程度的重复序列，主要以2-3个核苷酸为重复单位如(GA)n、(AC)n和(GAA)n等。从演化的角度看，物种间重复序列的差异是自然选择的结果。因此，鉴定SSR在基因组分析中有着重要意义。

MISA(MIcroSAtellite identification tool) 能识别序列中的微卫星和复合微卫星（两个微卫星之间由不多于100bp的碱基对隔开），并给出其所在位点。

• 1个碱基重复10次及10次以上；
• 2个碱基重复6次及6 次以上；
• 3~6个碱基重复5次及5次以上。
• 当两个微卫星之间的距离小于100bp的时候，两个微卫星组成一个复合微卫星。

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